船の上から謎の巨大ポケモンの影を目撃した一行。
パーカーに聞くも謎は解けず、ということでマホラ本島に上陸して真相を探ることにします。
「次の船は明朝でございます！またのご乗船をお待ち申し上げております！」
第一村人のカビゴンおじさんに話を聞いてみると、隣の小島で目撃例があったとのこと。
早速向かいますが橋が撤去されているため渡れず、と困ってると
「この辺りは干満の差が激しくて、大潮になると砂浜が現れて歩いて渡れるらしいよ！」
「それがこの時間だったのね！ラッキー♪」
余りにも都合のいい展開でモーゼの奇跡が自然発生しました（
早速離れ小島に上陸すると巨大クイタランが登場。
その際にキバゴがタマゲタケのキノコのほうしを受けて眠ってしまいます。
巨大クイタランは野生のポケモン達には目もくれず一行を追いかけます
「何で追いかけて来るのよ！」
「どうやら、何か逆鱗に触れちゃったらしいね！」
「クイタランはげきりん覚えないでしょお！」
「そんなこと言ってる場合じゃないぞ！！」
サトシが高次元なツッコミを披露しつつ、ピカチュウで反撃を試みますが効果なし。
逆にかえんほうしゃを回避して崖から海へ落ちそうになるも、サトシが何とか助けます。
そして謎のコートの人物の仁王立ちでクイタランも、島の火事も、ついでにコートの人物も消えてなくなりました。
一方、豪華客船の時からバスラオ号で追跡していたR団もいつの間にか離れ小島に上陸。
巨大ニャースに遭遇し、崖から高飛び込みで「やな感じー」となり、以降全く出演しません（
キバゴの治療の為本島へ戻ろうとする一行ですが、道に迷って戻れず。
しかし偶然にもポケモンセンターを発見します。
「ずいぶん寂れたテイストだね・・・そもそも人っ子一人いないこんな無人島に、どうしてポケモンセンターが！？」
「でも、今はそんな事言ってる場合じゃないでしょッ！！」
ポケモンセンターには野生のポケモン達が居り、一行を見て逃げてしまいました。
そしてタブンネとジョーイさんが登場。しかし常にどちらか片方だけが不自然に登場します（
サトシがタブンネとジョーイさんを交互に呼んで遊びますが、ジョーイさんが「タブンネー」と言ったぐらいでボロは出ませんでした（
木の実でキバゴが無事回復したところでさっきのコートの人物が登場。
「そうよ、私はジョーイ！現在はポケモンセンターの調査員です！！（謎ポーズ）」
ちょっと年老いたジョーイさんが登場。「違法営業のポケモンセンターの情報を受けて派遣された」とのこと。
目の前のジョーイを偽物と見抜くジョーイさん。すると偽ジョーイさんが光り輝いて・・・
偽ジョーイさんは野生のゾロアーク。
老ジョーイさんが昔密猟者の罠にかかっていたところを助け、その後居ついていたゾロア。
利用者の減少に伴いポケモンセンターを閉鎖した際、
進化の為山に籠っていたのですれ違ってしまったという事らしいです。
閉鎖した後もゾロアークは野生のポケモン相手にジョーイの真似事をしていたようです。
アイリス達の説得で老ジョーイさんもポケモンセンターを復活する方向に折れました。
「そうだサトシ！アタシたちで、このポケモンセンターを綺麗にしようよ！！」
「おう！やろうぜ！！」
船までの時間が有り余ってる為全員でポケモンセンターを掃除することに。
でんこうせっかで雑巾がけするサトシとピカチュウ、マスクをしながらはたきで清掃するアイリスとキバゴに対し
デントは1人で花を飾りつけながら「ん〜！ん〜！」と感激してるだけでした（
「やったぁ！ピッカピカ！」「キッバキバ！」
ジョーイさんとゾロアークの絆も、ポケモンセンターも綺麗になりました。
その2人に見送られながら次の船に乗る一行。イイハナシダナーで次回に続きます。
