あらすじ：R団によって復活させられたプロトーガが攻撃してきた（
プロトーガの攻撃をかわしたものの、野性のホイーガが登場。相変わらずフシデ族は扱いが悪いです（
そこへステラの車が合流。都合よく出していたイワパレスでホイーガを足止め。
その隙に車で退散。事なきを得ます。
車内でプロトーガの図鑑の登録とR団の作戦の説明を済ませた後は腹ごしらえ
ほのぼのムードになる一方R団は追尾メカから一行を監視。
R団が追って来ないうちに逃げようという矢先ロケットを装備したR団に襲われます（
それにしてもドリルライナーの技エフェクトは汎用性が高いなあ
メカでプロトーガを捕獲した矢先こちらも進化で対応します（
進化したアバゴーラは仲間たちの声を聞きネジ山の時の門を目指し単独行動。
追いかけるサトシ達ですがR団の足止めを食らい出遅れます。
ムサシの謎スカウターでアバゴーラを捕捉、かと思えば何故かゼーゲルの先導で追いかけるR団。
サトシ達はネジ山で働くステラの案内の下時の門を目指します。
時の門を見つけ太古の世界に帰ろうとするアバゴーラですがR団が追いつき捕獲。時の門の固定に成功します。
ところで何故一番体が小さなニャースがその捕獲メカを操るのでしょうか（
「時の門を超え、ロケット団の歴史に偉大な足跡を刻むのよ！」
「待てロケット団！！」
狂おしいほど展開がお約束・・・（
時の門の前でのバトルとなり形勢はR団に。
太古の世界からアバゴーラ達が増援に駆けつけますが捕獲メカに捕まります。
「ドトメだニャ！」と久々のニャースのバトルシーンで万事休すかと思われましたが
アバゴーラがげんしのちからでメカを破壊。追い詰めた割にあっさりとR団が退却します。
時の門をくぐり太古の世界を眺めたぐらいにして時の門が閉じ始めます。固定したんじゃ・・・
フジオとサトシ達はアバゴーラとの友情を約束し時の門を後にします。
その後夕方にもかかわらずフジオ、ステラと別れて旅路に戻る一行。
時間が無いとはいえ流石に別れ方がドライすぎるような（
「時の門は完全に閉ざされた。恐らくこの先二度と開くことはないだろう。」
うーん、R団の興味を削ぐためとはいえロマンに欠ける最後なのが残念です。
・あちこちでやたらに使われる倒置法。普段使わないだけに無性に気になります（
・習得描写なしですがデスマスが新技のおにびを披露。サトシのポケモン以外の新技の扱いがいつもこんな感じです。
・川柳で「元気百倍」のオーキド博士。そういえば幼少時代はアンパンマンでしたね（
・次回はポカブを捨てたトレーナーとのバトル。というかそこ回収するんですね。てっきり放置かと（
